幕末时期，维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心引退后，选出同样具有高超剑术的志志雄真实继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际，为掩盖种种不可告人的秘密，新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转，怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”，他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时，剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动起来，朝向京都进发。一场决定历史命运的大战即将拉开序幕……

续集故事取材于漫画家和月伸宏的漫画名作《浪客剑心》的《京都编》，以《京都大火篇》（上集）和《传说的完结篇》（下集）两集制作，预计明年夏季连续公映。故事的焦点放在了剑心与试图颠覆日本的劲敌志志雄真实的对战上。伊势谷扮演的四乃森苍紫，十五岁就当上江户城御庭番众的首领，被誉为天才，并深得手下们的信赖。幕府结束后，他为了部下，舍弃高官位子不做，宁愿去担任青年实业家武田观栁的私兵。他与下属的羁绊很深，同时是个具有独特审美的现实主义者。另一位田中泯饰演的柏崎念至（老翁）经营着民宿「葵屋」作为密探的后勤和情报中心，其身手与御庭番众前任首领不分上下。

维新政府建立后的某一天，在一个小村庄里，剑心遇见了一位美丽的少女神谷熏。交谈中得知有个叫比留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶，但熏不是对手。五兵卫手起刀落，眼看熏性命难保，千钧一发之际，一个人影风驰电掣般闪过，五兵卫劈了个空，而熏已在一位英俊的红发"少年"怀中。